边境牧羊犬虽然是智商最高的犬种，但随之带来的问题是，由于过于聪明，边牧行事喜欢我行我素，服从性比较差，这常常令主人感到头疼。
还有就是边牧属于牧羊犬，精力特别旺盛，所以饲养时需要主人每天花很多时间遛它，陪它运动。如果主人的生活或工作压力比较大，这无疑会给主人造成更大的负担。由于精力旺盛，边牧也具有强大的破坏力，存在拆家的现象。
作为一种长毛犬，掉毛也是饲养边牧不容忽视的问题，主人平时给边牧梳一次毛都得花上一两个小时的时间。如果主人不想自己做，带边牧去宠物店美容修毛洗澡，那这个费用会比较高。
边牧也有较大的体味，还容易得皮肤病，因为它的整个皮肤处于油腻状态，很容易造成皮脂溢，所以边牧护理起来麻烦。除此之外，边牧还比较好斗，医疗成本也高，因为狗狗用药是按体重选择药量的，而边牧是中型犬，体重能达20公斤。
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在夏天的时候是不需要给边牧剔除毛发的，因为毛发对于边牧来说是保护伞，并且夏天将毛发剃光，回对边牧的皮肤造成影响，不过可以适当的帮边牧把毛发给剪短，主人需要好好注意夏天边牧降暑的问题。
4-6个月换牙期的边牧缺钙，会出现口臭、牙齿参差不齐甚至是双排牙的症状；严重缺钙的边牧犬会导致肋骨外翻，关节变形，椎间盘疾病等病症，而且毛发会不断脱落，毛色也会变得黯淡无光。
冬天边牧睡外面会冷，因为室外温度很低会导致狗狗生病、冻伤的，尤其是小型犬和老年犬、幼犬，体质较差，而且在睡觉的时候体温低，更容易感冒生病；即便是准备一个狗窝在外面也是会感觉冷的。