鳄龟一般要在体重1千克以上才能分辨出公或母。具体分辨方法如下:首先,鳄龟公的尾巴一般长且粗,鳄龟母的尾巴一般短且细。其次,鳄龟公的泄殖孔距腹甲较远,鳄龟母的泄殖孔距腹甲较近。再者,鳄龟公有时会露出阴茎,鳄龟母则无此特征。
观察它的尾部,雄龟的雌龟的肛门所在的位置不一样,雄龟的肛门距离尾巴要较远,雌龟的肛门距离尾巴要较近。其次,雄龟和雌龟尾巴的长短和粗细也不一样,雄龟的尾巴又粗又长,雌龟的尾巴短而细。雄龟的前爪指甲较长,尾巴较粗长,泄殖孔离身体较远,腹甲向内微凹。反之则为雌龟。雄龟的腹甲略为凹陷;雌龟腹甲是平的。