如果狗是由狼演变而来的，那么到底什么狼是它的直系祖先呢？这个问题也一直存在着很大的争议。因为由于所生活的地理环境的不同，野生的狼分为许多不同的亚种，例如欧洲狼、中国狼、印度狼等。从前有不少学者提出亚洲、欧洲等地的家狗的祖先是印度狼，因为这种狼和家狗在大小、头骨形态等方面都很相近，特别是印度狼的上裂齿长度与狗最为接近。但是，这一观点未能被更多的人所接受，例如从丹麦古遗址中也发现了狗骨，不少学者们认为它可能来自欧洲狼，而不是印度狼。
随着科学技术的发展，科学家开始寻找更有说服力的证据来证实狗与狼之间的亲缘关系。特别是近年来随着基因组计划的发展及相关技术与信息的运用，推动了狗和其他家养动物的研究工作。
几年前，中国科学院昆明动物所的科学家开始和瑞典一家实验室合作，他们搜集了来自欧洲、亚洲、非洲和北美洲的654只狗的DNA样本，选择母系遗传、进化速度快、缺乏重组的线粒体DNA作为遗传标记，开始尝试用基因测序来为这个人类最忠实的朋友找到老家。
现代生物学实验已经证明，线粒体总是来自于母亲，它可以被看作一种很好的“家族”标志。通过追踪线粒体DNA，就能追踪某一物种的起源线索。
前面已经说过，狗在形态上所呈现出的多样性，让人们普遍觉得各种类型的狗应具有不同的起源。但是科学家在分析了它们体内通过母系遗传的“线粒体DNA”遗传物质的碱基排列后发现，这些狗拥有几乎相同的基因。
科学家对来自欧洲、亚洲、非洲和北美地区的654只狗和38只欧亚大陆狼的遗传变异进行研究。通过对线粒体DNA单倍型的系统发育分析发现，存在6个狗的单倍型类群（支系A—F）。他们就这6个类群单独进行分析。支系A中包含了3个来自于中国和蒙古的狼的单倍型。总体上，71.3％的狗的单倍型属于支系A，95.9％狗的单倍型属于支系A、B和C。
他们又深入分析了主流支系A、B和C。在支系A中，东亚地区无论在特有单倍型的数量上还是在核苷酸多样度上都显著高于其他区域。此外，东亚具有一些变异较大的特有单倍型，而其他区域特有单倍型的变异较小。并且，东亚所具有的单倍型分布于网络图的各区域，而欧洲和西南亚所具有的单倍型仅分布于网络图的部分区域。相似地，在支系B中东亚所拥有的单倍型比其他区域的多，且特有单倍型也较多。支系C的变异较少，但同样呈现这种趋势。也就是说西亚和欧洲的狗的基因库是东亚的—部分。
这些结果说明，狗的主要线粒体DNA支系起源于东亚，并且和很可能世界上所有的狗都出自同一个地方——中国。
由此，中瑞科学家联合组成的科研小组首次在基因的层面上为我们展开了这样一幅发生在远古的画卷：一万多年前甚至更早，也许是食物的诱惑，几只生活在中国的狼放弃了野性的生活，走近人类的生活圈并留了下来。在分享美味的同时，岁月洗掉了狼凶残的本性，它们变得温和驯良。从那时起．人与一些特殊的狼。也就是后来我们叫做狗的动物，开始一同打猎、一同进化、一同走过漫漫的时间长河，从争夺食物的对手变成互相信任的朋友。
后来，狗从中国首先扩展到东亚地区，人类又在漫长的岁月里逐渐把驯化的狗带到了欧洲，甚至穿过白令海峡带到了美洲。今天它们的后代已经繁衍出450多个不同的狗品种。
2002年，著名的《科学》杂志曾将两国科学家的这一研究成果论文，作为封面文章发表。
另外，美国加利福尼亚大学博士雷纳尔多等人对在中南美发现的哥伦布到达美洲大陆前的狗骨头化石，以及18世纪探险家进入阿拉斯加前的狗骨头化石采集的DNA进行了检测。雷纳尔多推断，北美洲和南美洲的狗的祖先是在约1．2万～1．4万年前，由人类从欧洲和亚洲带来的。而从前的观点认为，美洲大陆狗的祖先是由哥伦布发现美洲大陆后由欧洲人带来的。新近的这些研究结果均否认了这种观点。”
