马来西亚巨龟体形很大，重可达50千克以上，其背甲长度可达120厘米。头较宽，吻部向下倾斜，鼻孔大，眼大，上喙呈锯齿状，头顶后部有鳞。背甲相对扁平而呈长卵形，无脊棱，每块盾片上有同心环纹，背甲后缘呈锯齿状。甲桥宽大，腋盾、胯盾较长。四肢扁平，覆有大块鳞片，趾、指均具强爪，趾指间具丰富蹼，爪发达，尾适中。马来西亚巨龟头颈背部黑褐色或淡灰褐色，腹部淡黄色或乳白色。背甲黑褐色或灰褐色，腹甲淡黄色，无杂色斑点。四肢背面灰黑色，腹面淡黄色。
庙龟头部为黑色，侧面及眼眶处有不规则的黄色横向条纹。背甲为黑色，龟龟整体呈椭圆形，幼体后缘略呈锯齿状，随着年龄的增长逐渐钝圆化。腹甲前缘平切，后缘缺刻。四肢为灰褐色，指(趾)间具蹼，有较强的游泳能力。尾部为肉灰色，长短适中。头较小，顶部呈黑色，体形尺寸可达50多厘米长，最大体重可以超过二十公斤，头部散布着黄色的小杂斑点，，眼眶黑色有黄色碎斑点，上颌中央呈“W”型，且具有细小的锯齿。头侧部无明显纵条纹。背甲隆起较高呈黑色，腹甲黑色到黄黑交杂，个别为淡黄色，四肢灰褐色，指趾间具蹼，尾适中。雌雄鉴别：雄性腹甲中央凹陷，尾粗且长;雌性腹甲平坦，肛孔距腹甲后边缘较近，尾短。
