饼干龟面临的最大威胁是栖息地破坏和过度捕捉。 独特的外观和行为提高了它们对私人收藏的吸引力，导致其过度被捕捉至宠物市场。由于这种龟的繁殖率低，原有数量可能需要很长的时间来恢复。饼干龟适宜的生境是不常见的，栖息地的破坏会加剧其数量下跌问题。在肯尼亚，受到威胁是由于农业的发展，在坦桑尼亚，过度放牧山羊和牛对此龟亦可能构成负面的影响。
脆弱的饼干龟被世界自然保护联盟列为红色名录的野生动植物及濒危野生动植物种国际贸易公约附录II中。在1981年，肯尼亚禁止出口的饼干龟，除非获得环境和自然资源部长书面许可。坦桑尼亚亦于1974年对保护饼干龟下达野生动物保护令，同时在塞伦盖蒂国家公园内受保护。“濒危野生动植物种国际贸易公约”也限制了饼干龟的出入口，现时有部分龟只从坦桑尼亚出口，但这些交易亦被认为违反公约的制定。在1988年，欧盟禁止进口的饼干龟，但与欧盟成员国的贸易仍在继续，几个国家仍然继续进口饼干龟。饼干龟现时已被圈养繁殖的，己在欧洲动物园中进行育种计划。然而，现时亦未有足够的商业养殖业务以供应市场需求。饼干龟不会努力寻找的食物，它们只会伸出头，懒洋洋地在自己周围的草地和植被进食，如果它们流浪，就不再需要再拼命寻找食物。
