蛋白质是构成藏獒体组织的重要成分。藏獒个体大，供给足够量的蛋白质可保证藏獒生长发育的营养需要。蛋白质被用于维持犬体的新陈代谢，保证细胞和组织的更新，保持藏獒强壮的机体素质，保持其固有的抗病力、繁殖力和工作能力。所以，蛋白质是藏獒基本的生命物质。
蛋白质由20多种不同的氨基酸组成，其中10多种氨基酸在藏獒体内不能合成或仅能合成少量，不能满足机体的需要，必需由饲料供给，称为必需氨基酸。
例如，精氨酸、组氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸和苏氨酸等氨基酸，都是在藏獒体内自身不能合成，又有特殊生理意义的氨基酸。饲料中如果长期缺乏蛋白质，缺乏必需氨基酸，即会造成藏獒严重的营养不良，各种组织和器官的功能失调，生长发育受阻、迟缓，体重减轻，免疫力降低，抗病力下降。
公犬出现性欲降低，精液数量少，精液品质差，畸形精子增多，精子活力低。母犬则出现营养不良，被毛粗乱，发情异常，不育、流产、死胎、繁殖能力降低。
在藏獒的科学养殖中，保证饲料蛋白质的数量和质量，对维护藏獒的营养健康及其重要。在藏獒的原产地，藏獒一般不会发生蛋白质缺乏症。
但在我国内地，藏獒的日粮构成发生了很大变化，一般难于提供丰富的牛羊肉骨，大多数情况是有啥喂啥，或者因所提供的蛋白质饲料，大多是品质相对较差的植物蛋白，或为藏獒所厌恶的水生动物产品，严重地影响藏獒的食欲和蛋白质的营养平衡。
为了保证藏獒的营养，在藏獒每天的饲料中，必需供给充足的蛋白质，特别是动物性蛋白质。有资料说明，按蛋白质占饲料干物质的含量计算，藏獒饲料中的蛋白质含量必须保持在30%以上。
处于哺乳期、断奶期、配种期和生长期时，饲料蛋白质的水平必须达到40%左右；其中动物性蛋白质饲料应当超过饲料总蛋白质的1／3以上。
成年藏獒每天需要可消化蛋白质在5克／千克体重以上，其中动物性蛋白质应不低于1.6克／千克体重。正处于生长发育阶段的育成藏獒，每天需要可消化蛋白质为9.6克／千克体重，以保证幼犬强度生长的营养需要。
饲养实践说明，对2～8月龄的育成藏獒，在饲料中添加赖氨酸和蛋氨酸，能有效提高饲料蛋白质的利用率，故赖氨酸与蛋氨酸又被称为蛋白质饲料的强化剂。赖氨酸在藏獒的组织中不能合成，而且在藏獒组织中被氧化脱去氨基后不能重新复原，也不能被任何一种氨基酸所代替。
因此，赖氨酸被看成是藏獒营养中的第一限制性氨基酸，而蛋氨酸被称为第二限制性氨基酸。藏獒母乳所含蛋白质水平很高，赖氨酸和蛋氨酸的含量都能充分满足幼犬生长发育的营养需要。饲料蛋白质水平是衡量饲料营养价值最重要的指标，在藏獒的营养配比中始终应当给以高度的重视。
