四眼斑水龟一般喜栖于水底黑暗处,如石块下、拐角处。连续多次将鼻孔露出水面呼吸后,静伏于水底可达15-20分钟左右。每年4-5月初,水温 15℃时少量活动,18℃左右时可见在水中游动。6-9月间随温度的上升,龟活动范围增大,中午喜趴在岸边伸展四肢晒甲。10月霜降后陆续进入冬眠。11月水温13℃时龟进入冬眠,对触摸、振动、刺激反应迟钝。
翌年1月水温10℃以下时龟进入深度冬眠,无排泄现象。冬眠时龟头缩入壳内,四肢、尾部均不缩入壳内,趴在池的深水处或岸边石缝、草堆下。到翌年4月中旬、温度回升到18℃时开始逐渐苏醒,时常睁眼微爬动,少数龟略有进食。喜欢生活在山区清澈的溪流之中,食性为杂食性,喜欢温暖而不炎热的气候,可在深水中长时间生活。