日本石龟整体基本上都是棕色的，而头部颜色会稍浅一些，两侧和颌部上长有深色的斑点。可能有一条棱突，其上也许会有一条浅色的条纹，但也许没有。后缘呈明显的锯齿状。背甲上可能具有清晰的特征性的年轮，还可能会有由放射状的细沟构成的精致纹样。腹甲上有一个缺刻。一些较大的雌龟，其背甲的直线长度可达7"，但大多数往往都要小一些，5-6"。成体的背甲长度为13-18cm。日本石龟的体色呈棕色，略略带点黄。
黄喉龟个体中等，呈扁椭圆形，头较小，头背光滑无鳞，黄色或黄橄榄色，头腹面及喉部为黄色故名。鼓膜圆形，黄色，头侧眼后至鼓膜处有一黄色纵纹。背甲棕色或棕黄色，有3条纵棱，只有中央棱明显，背甲较低平，边缘整齐，后缘微呈锯齿状，腹甲浅黄色，每一盾片的后缘中间有一方形棕色黑褐斑，有的不明显，呈全黄色称为象牙板。腹甲比背甲略短，雄龟腹甲呈凹形，其色较雌龟深，尾基较大尾较长，躯干部长而较薄，雌龟腹甲平整，尾短而较粗，躯干部短而厚。背甲与腹甲以骨缝相连，甲桥明显，腋盾窄，胯盾小，喉盾平切，两外侧明显呈角状，肛盾缺刻深。四肢扁圆，上皮具宽大鳞片，颜色较深。前肢五爪，后肢四爪，指、趾问全蹼，腿窝内皮肤呈黄色，尾短而尖细，侧面有黄色纵纹。
