巨头麝香龟公龟的尾巴很长,母龟的尾巴很短很细,一般小龟,60克以上就能试着鉴定性别了,像尾巴粗细,泄殖腔距离腹甲后端都会慢慢变明显。
巨头麝香龟,椭圆形的背甲最长至14厘米,表面比较平坦,有一条中央脊椎和两条侧脊椎,随着年龄的增长会变得模糊或消退。背部两侧的斜坡形成了一个小于100°的角度,角度与高度的平均比率为5:1。脊椎盾甲与后方的盾甲交叠,第1块椎盾较长,从不与前方的第2对缘盾相接触。其他4块椎盾的宽度略微大于长度,第5块向后展开。背甲的颜色通常为咖啡色或橙色,以分散的黑色斑点或黑色放射条纹形成了异样的图案,时间加剧了色彩的变淡和纹路的退却,盾甲间有较宽的黑色分界线。
完美粉色与微黄色的腹甲有唯一的一块喉盾,在腹盾和胸盾间有一块不易辨认的铰链盖。肛盾末端有一个较浅的缺口,腹甲大小排列的顺序:肛盾>腹盾>胸盾>臀盾>肋盾>喉盾。头部大小适中,相比之下成体显得比较大,颜色多半为粉色或浅灰色并带有黑色的圆点。口鼻部的喙一般是茶褐色,而且有些许的黑色放射条纹。上颚略呈钩状,但并不明显。下巴有两条触须,皮肤通常为粉色、灰色或橙色。