听说，人和其他灵长类动物在进化的过程中，视觉变得越来越发达，不过嗅觉却衰退了。固然能够很清楚地看到事物，但识别气味的能力却越来越差。
另一方面，狗分辩颜色的视觉却并不发达，不过它们的嗅觉却越来越灵敏了。狗的嗅觉十分发达，所以它们通过嗅觉来区分不同的人，而非视觉。狗对于汗液中所含有的挥发性脂肪酸尤其敏感。它们鼻子里的气味传感器十分发达，所以能够识别很微弱的气味，并正确地区分这些气味。
边境牧羊犬对于主人的气味也很敏感。我的爱狗约翰尼，在老了以后眼睛变得很不好，但还是能通过气味第一个就知道我回来了。家人不在家的时候，只要身边有带有他们气味的衣服，边境牧羊犬也会很踏实。只要能闻到喜欢的人的气味，它们就会觉得很安心。
我们常常听到有人说“我家的边境牧羊犬十分喜欢年轻女孩”、“它似乎对男人有戒备心理”或者“它也不太喜欢孩子”之类的话。这是由于，有些边境牧羊犬平常和女性一起生活，很少有机会接触到男人和孩子，所以它们对于男人和孩子的气味会感到陌生，就会特别留意。
边境牧羊犬的好奇心很强，即使是初次见面，它们也会去闻对方身上的气味，从而收集信息。假如是以前见过的人，它们会很长时间都记得这个人身上的气味。
听说边境牧羊犬的嗅觉是人类的1亿倍。不只是猎狗，警狗、搜毒狗、救灾狗等很多不同种狗，也都在不同领域发挥了很大的作用。就连医疗领域，也想要利用狗出色的嗅觉。
比如，癌细胞会合成某种散发着特殊气味的化学物质，而狗就可以辨别这种气味。英国的一个研究小组，用膀胱癌患者和正常人的尿样做了实验，结果表明，狗有41％的概率可以辨别出患者的尿样。
而且，以前还有报告说，有一只边境牧羊犬总是闻主人身上的一个部分，大家都觉得很希奇，结果在这个主人身上的那个部分发现了皮肤癌。
美国加利福尼亚州的临床报告表明，假如练习边境牧羊犬去闻癌症患者所呼出的气体，它们可以分辩癌症患者和非癌症患者。
有一次调查的对象是正在进行胰岛素治疗的糖尿病患者，从那次调查中可以看出，在主人低血糖发作的时候，身边的狗有70％都会做出一些不同于平常的行为。人在低血糖的时候，所流出的汗液中含有微量的儿茶酚胺（由肾上腺髓质、交感神经和脑细胞所分泌的肾上腺素、去甲肾上腺素、多巴胺等物质的总称）。而边境牧羊犬是可以辨别出这种气味的。
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