黄喉拟水龟主要通过外表来进行性别分辨。从体型上来看，雄龟的体型要大一些，并且背甲也比较长，而雌龟的体型略小一些，背甲比较圆比较宽。从前爪来看，雄龟前爪比较长，而雌龟则比较小。而从腹部来看，由于生殖需要，雄龟一般会有凹陷，而雌龟的腹部则十分平坦。
从尾巴处观察，雄龟的尾巴比较长，根部粗壮，而雌龟的尾巴看上去就比较短小。最后两者的泄殖孔也有不同，雄龟的泄殖孔离腹部的后面的边缘处比较远，呈长条形，而雌龟则距离边缘处比较近，形状近似圆形。
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