伊犁鼠兔习惯群居,挖洞或利用天然石隙群栖。白天活动,常发出尖叫声,以短距离跳跃的方式跑动。不冬眠,有储备食物的习惯,当冬天来临时,依赖所储备的食物过冬。为草食性动物,多以金莲花、虎耳草、雪莲等高山植物为食,由于这些植物多生长于高海拔的岩壁石缝间或小台地,伊犁鼠兔常常饿肚子。伊犁鼠兔还有许多天敌,有白鼬、石貂、狐狸和各种猛禽。
伊犁鼠已经是国家的保护动物了,禁止买卖和个人饲养。列入2005年《中国濒危物种红皮书》。列入《世界自然保护联盟》(IUCN) 2008年濒危物种红色名录ver 3.1——濒危(EN)