巨头麝香龟繁殖不难，完全发育成熟的雄性巨头麝香龟所需要的时间是在4到8年之间，这个时候龟壳的长度就会停留在7厘米到9厘米的长度上。雌性的巨头麝香龟的发育成熟时间平均在7年的时间，也有很少的一部分会在6年的时间发育成熟。这个时候的雌性巨头麝香龟的龟壳通常在8厘米到10厘米之间。
比雄性的稍微长一点，在每年的冬眠期结束后，就是巨头麝香龟交配繁殖的时候了。在4月份到7月份是巨头麝香龟们交配的时间，其中4月份是最为旺盛的。也有一部分的巨头麝香龟在8月份到10月份才进行交配，产卵时间在10月份和第二年的6月份到7月份这几个时间段内。每次产卵都会产下1到4窝的龟卵，每一个窝的数量在3到4枚之间。
有的雌性麝香龟曾经一次产下了15枚龟卵，这也是巨头麝香龟这个品种诞生以来产下数量最多的龟卵了。龟卵的外形是椭圆的，外壳非常的漂亮，好像一件精美的艺术品。
不过非常容易的破碎，轻拿轻放的时候要注意。龟卵在刚产下来的时候是粉红色的，还带有一定的透明状。但是等发育完全后就会变成白色的，透明状也逐渐的消失掉，孵化时间从90天到120天不等。
在小的巨头麝香龟出壳前，龟卵的外壳会变成皮蛋样的颜色。这个时候，有一部分的巨头麝香龟会协助小麝香龟们进行出壳的工作。出壳点通常都会在头部的位置，直接将其拱开，如果不是用头拱开蛋壳的话。会造成出壳困难，而且对氧气的有很大的依赖性，等到出壳后，小麝香龟会在原地活动一段时间。适应了环境后，才会更为大胆的进行下一步的活动。
