加拉帕戈斯象龟是保护动物，加拉帕戈斯象龟被列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN)2015年 ver2.3——无危(LC)。全部列入《华盛顿公约》CITESⅠ级保护动物。
在达尔文初到加拉帕戈斯群岛时，加拉帕戈斯象龟的数量大约有二十五万只，至1996年只剩下一万五千只。数量剧降的最主要原因是18至19世纪的捕鲸者及海盗经常捕捉象龟作为在船上的粮食。为了保护这些珍贵的物种，加拉帕戈斯国家公园服务系统扑杀岛上的野生食肉动物和竞争者，清除岛屿上破坏植被的山羊。
育种和保育计划开始于1965年，已成功地将7至8个濒临灭绝的亚种降到危险较低的数量水平。幼龟在几个岛屿繁殖中心育种，以改善其早期生长过程中的脆弱的生存状态。从筑巢地点收集易受到危害的龟卵，给孵出的幼龟提供一个良好的开端，幼龟生长到四到五岁后再释放到它们家乡的周边，以便能够有更好的机会与生存的空间长成成龟。
最显著和有效的种群恢复是西班牙岛亚种(Chelonoidis nigra hoodensis)，从灭绝的边缘被保存下来。最初只有3只雄龟和12只雌龟，虽广泛分散，但没有发生野外交配。达尔文研究站圈养了这仅存的15龟，繁殖计划在1971年进行，并在随后的33年中，将它们产生的后代被释放到它们原来的家岛，自然繁殖到1200多只后代。
