伊犁鼠兔习惯群居，挖洞或利用天然石隙群栖。白天活动，常发出尖叫声，以短距离跳跃的方式跑动。不冬眠，有储备食物的习惯，当冬天来临时，依赖所储备的食物过冬。为草食性动物，多以金莲花、虎耳草、雪莲等高山植物为食，由于这些植物多生长于高海拔的岩壁石缝间或小台地，伊犁鼠兔常常饿肚子。伊犁鼠兔还有许多天敌，有白鼬、石貂、狐狸和各种猛禽。
伊犁鼠已经是国家的保护动物了，禁止买卖和个人饲养。列入2005年《中国濒危物种红皮书》。列入《世界自然保护联盟》(IUCN) 2008年濒危物种红色名录ver 3.1——濒危(EN)
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