猫的颜色基因是有公母共同来决定的，但是并不是五五开这种情况，而是需要在不同性别的情况下分情况讨论。 我们把猫的遗传基因比作人来说，母猫就是XX，公猫就是XY，其中公猫的Y染色体是仅做性别遗传，是不含有颜色的。 猫的毛色基础只有两种，一种为红，一种为黑。其他的颜色都是由这两种基础色淡化所导致，乳色为红色的淡化色，蓝色为黑色的淡化色，白色则是由另一种基因所有影响不能够显现自身的颜色所导致。公猫染色体为XY，母猫为XX，后代猫则是由父母身上的染色体所合成。 若从公猫染色体上取Y染色体，母猫身上取X染色体，则后代猫一定是雄性，并且颜色一定显现母猫独有的特征，因为仅仅去母猫一个X染色体，必定显现为红或黑色的单色毛色。 若从公猫染色体取X，母猫身上取X，则后代猫一定是雌性，并且颜色会呈现双色，例如玳瑁色（红黑），由此可以反推，双色猫一定是母猫。 所以从遗传后所显现的颜色来看，不论是后代是公猫是母猫，颜色基因都会受母猫染色体的影响，所以随母猫更多。
猫的显性遗传和隐性遗传的区别
基因分为显性基因与隐性基因。显性基因是在一对基因中决定其所展现出特征的一个基因，也就是一对中有个一个就会展现出其特征；而隐性基因是只有成双存在时才决定其所表现出的特征，必须成对存在才能展现出特征。 猫的毛色变化、长短和毛型也分显性和隐性的区别，具体表现在：
毛色遗传表现在：1、黑色为显性时——蓝色、巧克力色皆为隐性； 2、巧克力色显性时——淡紫色和肉桂色皆为隐性； 3、红色显性时——忌廉色为隐性； 4、白色显性时——其他颜色皆为隐性； 5、玳瑁色或“龟壳白”显性时——米蓝色或较淡的色层皆为隐性； 6、白斑点显性时——浓淡一样的实体色则为隐性； 7、底毛白色为显性时——实体色为隐性。 毛发长短和毛型遗传表现在： 1、短毛为显性时，长毛、无毛为隐性； 2、刚毛为显性时，正常毛质为隐性。
猫的瞳色是由遗传基因控制猫的瞳色是由父母的遗传基因以及黑色素的共同控制的。我们能看到的猫的瞳色都是有透过透明眼角膜看到猫的视网膜上的颜色，而色素在视网膜上于在皮肤毛囊内的沉积有一定的相关性。猫的瞳色也成为鉴定纯种猫的依据之一。 异色瞳是猫咪中的一种特殊的瞳色，十分的神秘迷人。但是异色瞳出现的原因是因为虹膜异色症。虹膜异色症主要是与遗传有关，眼睛的虹膜颜色受到遗传因素的影响， 若父母中一方瞳色为蓝色，另一只为灰色，则后代有可能是一双蓝眼或一双灰眼，但也有可能是以一只蓝色一只灰色。这可能是由瓦氏症候群所导致，又称内眦皱裂耳聋综合征或耳聋白发眼病综合征，其病因主要是与2号染色体的变异有关。患者通常会表现出蓝色眼珠，对视力没有影响，但常常会出现听力问题，例如听力障碍，还可能患有先天性巨结肠症。
控制瞳色的基因为成对的等位基因：例如Aa，Bb，控制表现出的瞳色 A为显性基因，a为隐性基因，B为另一对上的显性基因，b为另一对上的隐性基因 1、有四个显性基因时AABB，瞳色表现为黑色； 2、有三个显性一个隐性时AABb或AaBB瞳色表现为棕色； 3、有两个显性两个隐性时AaBb，aaBB，AAbb瞳色表现为黄色 4、有一显性三隐性时Aabb，aaBb瞳色表现为蓝色 5、有四个隐性时aabb瞳色表现为淡蓝色 以上为举例，猫如何通过成对等位基因来组合表现瞳色的。
猫的瞳色也由黑色素表现猫的瞳色也有黑色素的含量来表现出不同的颜色。猫眼珠颜色的种类和亮度是由眼黑色素的数量及活跃度决定。
产生色素少
产生色素中
产生色素多
没有黑色素
浅蓝
蓝色
深蓝
少量黑色素
浅绿
绿色
深绿
大量黑色素
淡琥珀色
橙色
深铜
PS：表中色彩为逐渐增减，渐变的。
猫的折耳的缺陷基因也由基因遗传
众所诸知的折耳猫在萌界是占据了一席之地的，但折耳却是基因的缺陷所导致。折耳这个性状是由显性基因所决定。 并且父母是折耳的话，传给后代猫的概率是比较大 。但这种遗传无感性染色体，仅仅有显隐性基因所控制。 例如：A，a为控制是否折耳，A为显性，a为隐性，当有A存在时a隐性基因不会被表现出来。 例：
父(折耳)
AA
母(折耳)
AA
子
AA(折耳)
父(折耳)
Aa
母(折耳)
Aa
子
AA(折耳)
Aa(折耳)
aa(立耳)
父（折耳）
Aa
母（立耳）
aa
子
Aa（折耳）
aa（立耳）
父
aa（立耳）
母(折耳)
Aa
子
Aa(折耳)
aa（立耳）
父（立耳）
aa
母（立耳）
aa
子
aa（立耳）
