日本地龟不是保护动物,日本地龟的头颈侧可见3-4条棕红色纵纹,吻喙棕红色,上喙略钩曲;背甲黄褐色,前后缘呈锯齿状,背部脊棱明显突出;腹甲黑色;两边缘黄色;四肢及尾部的鳞片黑色,间有部分暗红色。
体型较小,其背甲呈枫叶状,体色橘黄色,肋盾、椎盾中央和缘盾边缘具黑色斑纹,背甲前后缘呈锯齿状,背甲上有3条嵴棱,中央一条较明显。腹甲黄色,甲桥黑色,有腋盾。头部棕褐色,侧面有橘红色和褐色镶嵌的条纹,延伸至颈部。四肢浅棕色,散布红色或黑色斑纹,具大小不一鳞片,指、趾间具半蹼。尾橘红色且短。日本地龟与地龟的外部形态较相似,明显差异是:日本地龟有腋盾,地龟无腋盾。