有两种主要的原因产生了猫科动物的眼睛颜色。虹膜色素沉淀和蓝光反射。
虹膜的色素沉淀是由黑色素导致的，并且颜色排列从柠檬黄到淡褐色到深橙色或是棕色。另外“透明的”眼睛结构，晶状体这个也象一块玻璃一样反射外来的光线。如果从正面看，玻璃是没有颜色的，但是我们慢慢移动角度会看到它呈绿色或是蓝色。同样的，猫科动物眼睛的透明结构也呈透明的蓝色深浅排列从无色到很深的蓝色或象紫罗蓝那种蓝色。这种蓝色光线反射的颜色组和加上虹膜色素沉淀所产生的颜色构成了猫所有的眼睛颜色。
虹膜色素沉淀和透明结构色素都是由染色体上不同位置的多个多基因控制的。同窝的小猫从父母那里混合地继承了这些多基因并且产生了不同的眼睛颜色。不同的多基因混合导至颜色深浅的排列。
幼猫出生的时候都是蓝眼睛。成猫的眼睛颜色定型于六七周大的时候，但是也有到三四个月大的时候眼睛颜色才固定下来。在一只猫的一生当中疾病和伤害能够导致眼睛颜色的变化，但给猫吃鱼会让猫的眼睛改变颜色这种说法是无稽之谈，这是因为在给猫断奶的时候，由于人们给小猫喂鱼，在商业猫粮产生之前，大家可能都是喂的鱼给小猫吃，然而恰恰这个时候正是小猫的眼睛颜色变化的时候。
蓝色系列
幼猫出生时是蓝眼睛的，但这并不是他们一生都不变的眼睛颜色，在几个少数品种当中蓝眼睛是永远不变的，但是在大多数的品种当中，将会在六周之后会被另一种颜色所替代。蓝色的深浅取决于蓝色光线反射的强度。
蓝眼睛是重点色猫的一个特征，这种猫的眼睛颜色与随温白化病相关，这产生了重点色的图案。蓝眼睛的色调亮度的变化，使繁育者们必须有选择的采用这个品种当中最好的眼睛颜色的猫来繁育，从而能够产生更理想的蓝眼睛重点色幼猫。
蓝眼睛也发生在纯白色猫当中或是结合了显性纯白色基因的猫当中。但这种情况和白化病是截然不同的。因为白色显性基因只是罩住了身体潜在的颜色。如果白斑在眼睛周围出现的话，会影响眼睛色素。白猫可能有一只或是两只都是蓝眼睛。而非蓝眼的白猫的眼睛颜色可以是品种标准当中的任何一种颜色。
举例来说：一只单只蓝眼的白波斯猫的另一只眼睛的颜色是灿烂的橙色。在任意的鸳鸯眼白猫当中非蓝眼的眼睛颜色可以是绿色或是黄色甚至是有点蓝色的阴影。
Ojos Azules西班牙语为蓝眼睛，是一个新猫种，蓝眼睛、但非重点色和非纯白猫——译注被归为矢车菊蓝色、浅蓝色眼睛，但是这种突变与致命残疾因子相连。如果一只幼猫得到了双份XY或是XX染色体上都的这种突变基因。在这个品种中眼睛颜色与被毛颜色无关。其它突然出现的蓝眼睛突变也与被毛颜色无关。
绿色和浅绿色
绿色排列从微黄的绿色到醋粟绿色到更深的绿色和蓝色调的绿色。一些更老的标准上叫做草绿色眼睛，指非常非常的绿。绿颜色或是绿斑点有时候也会出现在浅褐或棕色眼睛里。
金吉拉波斯和它的短毛品种~异短，因为他们的带黑色眼线的深绿色眼睛而倍受注目。浅绿蓝绿被发现在东奇尼猫眼睛上，它的体形及颜色/图案介于暹逻猫和缅甸猫之间。暹逻猫有蓝色的眼睛而缅甸猫有橙色的眼睛。
黄色系列包括从淡柠檬色到更鲜艳的色调。这种交迭也出现在黄色和棕色，淡褐色或是棕褐色之间以及黄色和绿色之间。
黄色和绿色的界限也许不太清晰，但不会被误认为是橙色眼睛的猫。橙色眼睛常常被描述为铜色。很多品种的发展归功于早期的英国猫爱好者所做的努力，他们把它叫做橙色，因为黄色和淡绿色无法界定，而亮橙色也出现在被毛的颜色中。
棕色包含了很宽的范围，从淡褐色正常的野生白猫的眼睛颜色到黑棕色。一些棕色眼睛会出现绿色黄色或是橙色的颜色或是斑点。
在猫当中鸳鸯眼是指一只眼睛是蓝色的，另一只眼睛是其它颜色的。 鸳鸯眼是最常见的白显性猫，一只眼睛是蓝色的，而另一只眼睛是黄色、橙色棕色或是绿色的。 血统猫鸳鸯眼白猫有一只蓝眼一只橙色/琥珀色眼睛，但在随意繁殖时非蓝眼的那只眼睛可能是黄色、绿色或是棕色。一些白猫有两只蓝眼睛，但是在照相时闪光灯让一只眼睛反射出绿色，而另一只眼睛反射出红色。这是由于眼睛结构不一样造成的。高白的双色猫在正面拍照的时候也可能反射出鸳鸯眼。
不太常见的，其它颜色的猫也有有鸳鸯眼。举例来说：一只玳瑁有一只黄色眼睛和一只蓝色眼睛。这是因为眼睛在胚胎阶段发育不同而形成的。也许这只猫有白斑基因，但可能不会显示在被毛颜色上而影响到了眼睛。
有时候不同眼睛颜色是由于眼睛受伤或是疾病造成的。这些原因伤害了虹膜或是一只眼睛。在这种情况下这种特征不会被遗传。
两色眼睛表示一只眼睛的虹膜有两种颜色。举例来说：也许一个黄色的虹膜环绕着一个绿色的虹膜。在猫展当中，这被认为是一个错误，但是他却会很吸引人。
举例来说：一只棕色区域出现在一个蓝色或是绿色的眼睛当中。一些白猫被报告出有这样的眼睛。只有一部分虹膜受色素的影响另一部分受到了白斑基因的影响。一只或是两只眼睛都能够被影响如果两只眼睛都受到了影响可能会出现镜反像效果。这种情况有时候被叫做“怪眼”猫，因为他们不是常见的鸳眼。
粉红
粉红不是一个正常的猫眼睛颜色。这是基于粉红眼睛的白化病原因和眼睛色素完全缺乏造成的，并且伴有极少的蓝光反射。真正的白化病没有一点黑色素，并且虹膜是淡粉红白色。由于蓝色的反射眼睛通常有一点蓝色，产生蓝色眼睛的白化病效果。非常罕见的透明结构无色的和粉红眼睛的白化病效果。
因为眼睛的结构，曾经相信不可能会有粉红色眼睛的猫，而且真正的白化病会有淡蓝的眼睛，但现在已经有几只粉红眼睛白化病的猫在最近几年被报告出来。白化病症已经记录在加拉猫和它的野生双亲当中——亚洲美洲豹猫
