澳大利亚牧羊犬的常见疾病有：白内障，眼睛或虹膜缺陷，进行性视网膜萎缩，双行睫，髋关节发育不良，癫痫，心脏病，甲状腺问题，耳聋等。
（1）髋关节发育不良 澳大利亚牧羊犬是一种可能会髋关节发育异常的狗。一种综合原因造成的疾病（包括遗传、后天饲养），这种问题就像一颗定时炸弹，在狗年轻时，不是特别严重的情况下，不会有反应，或者只是轻微的反应，犬主不易察觉，随着年龄的增长会越发厉害，甚至瘫痪。 （2）癫痫 是指慢性的、短暂性的、发作性的、暂时性的脑功能丧失、失调的一种疾病;表现如突然倒地、四肢抽搐、口角流涎、意识障碍、意识丧失等。
（3）心脏病 心脏担负着将血液送至全身各处的泵血功能，如果泵血功能不能正常运转，就不能把血液输送到肺和全身各处，也不能回收从肺和全身各处返回的血液，从而引起血流量降低和淤血等。10～15%的犬类都患有不同程度的心脏病。而且，它已经成为继癌症之后的第2大犬类杀手。
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