哈米顿氏龟成年个体重1-2千克,属中型龟类。成体长椭圆形。头大,头部黑色,上有大小不一的黄白色斑点,根据斑点的颜色分为白斑点黑池龟和黄斑点黑池龟2种,吻钝,喙呈流线形。眼大,颈粗,颈部有黄白色小斑点。
背甲黑色或棕黑色,布满不规则的黄白色斑点,边缘的斑点多而清晰,背甲有3条突起的脊棱,中间一条尤其明显。腹甲黑色,布满黄色或白色的不规则斑点。四肢扁圆,灰褐色,布满细小斑点,趾间具蹼,前肢5爪、后肢4爪。尾较短,灰褐色,上有细小斑点。雄龟体型小,腹部凹陷,尾粗长、泄殖孔距腹甲后缘较远;雌龟体型大,腹部平坦,尾细短、泄殖腔孔距腹甲后缘较近。