金头闭壳龟的背甲中间盾片呈鲜艳的红色。品相好的话，颈盾也呈鲜红。此外，背甲两侧各有一枚红色斑点，也是金头独有的特征。
潘氏闭壳龟无此特征，背甲多为一体黄色，较为暗淡。
腹甲金头闭壳龟腹甲像一副水墨画，笔画较粗，素以变化多样而闻名，不同于其他龟，每只的腹甲都不一样，和人类的指纹一样，是识别个体的最佳途径。
相比，潘氏闭壳龟的腹甲像是钢笔绘出的工笔画，特征明显，规则工整，呈锯齿状。有的小苗黑线缺失，呈象牙板或半象牙板，随着年龄的增长，黑线逐渐加粗。
除了腹甲纹路的区别以外，金头小苗的腹甲偏橘色，潘氏腹甲为纯黄色，这一点也是需要注意的。
肛门(即泄殖孔)这个简单直接，只有金头闭壳龟的肛门才是黑色的，潘氏和杂交龟都不呈黑色。
这是最有效但也最容易被忽视的一个判断依据。
金头闭壳龟的眼睛虹膜比较特别，是同心圆构造，即瞳仁外又是一个圈，外圈呈淡蓝色，显得大而有神，搭配起来就是“金发碧眼”。
潘氏闭壳龟的眼睛，瞳仁外圈为黄色，有一条横贯的细线，和草龟有类似。
头纹金头闭壳龟之所以称为金头，还是因为脑袋基本为金色，杂色非常少，即使有头纹也不明显。
但潘氏闭壳龟龟苗一出壳就有明显黑色头纹，一直延伸到耳后和头顶。
体色金头闭壳龟的体色艳丽，四肢内侧在龟苗时呈现鲜黄色或略带橘红色，潘氏闭壳龟则是较暗的淡黄色。
