平背麝香龟体长7.6-11.4cm，头和颈部稍带绿色，并覆盖着深色的网状图案，下颚有一对触须。四肢有脚蹼，雄性尾巴粗而长，颜色一般为褐色。背甲非常的平坦，两侧的斜坡形成了一个大于100度的角度。幼体时，斜面的角度与高度的比率大约为9.5：1。背部中央有一条比较钝的、不太明显的脊椎骨。背甲前端两侧的缘盾略微呈锯齿状，每块脊椎盾甲都与后方盾甲前端交迭，第1块脊椎盾甲比较的长，从不于第2块缘盾相接触，另外4块脊椎盾甲的宽度大于其自身的长度，第5块则向后方扩展。背甲的颜色为黄褐色和咖啡色，伴有黑色或咖啡色的斑点与条纹。盾甲间有明显的黑色交界线，腹甲为粉色和黄褐色，有唯一的一块喉盾。在腹盾的前端是一块不太清晰的铰链盖，腹甲大小排列的顺序为：腹盾>胸盾>臀盾>肋盾>喉盾。头部的大小适中，有不完全类似于钩状的上颚，在橄榄色头背部是完美的黑色网状条纹和斑点，在成体后有适度的扩大。
麝香龟是一种相对较小的龟类，平均长度为8-14厘米。头浅褐色，较大，头预两侧有两条白色条纹，颌喉处有触须， 缩入背甲下，背壳为棕色或黑色，并具有光滑的椭圆形和高圆顶，较隆起;幼龟甲壳通常是黑色且粗糙的。腹甲较小，各腹盾片间充满乳白色皮肤，尾较短小。雄龟尾比雌龟长且粗(重165克的雄龟尾长3.5厘米)。雄性与雌性的不同之处在于，雄性的的头更大，尾巴长而粗壮，带有脊椎，后腿内侧有鳞片倾斜区域。
