四眼斑水龟背甲长雄性122-135毫米,雌性130-134毫米;宽雄性76/84-84/92毫米,雌性73/85-85/95毫米;高雄性42-51毫米,雌性45-53毫米;头宽16.5-21毫米。头部光滑无鳞;吻短而尖,超出下颚,垂直向下达喙缘;头背后侧有2对明显的眼斑。背甲较扁平,脊棱明显,侧棱弱而不显;颈盾窄长,后缘宽于前缘;椎盾5枚,宽大于长,第一枚椎盾五边形,前宽后窄;肋盾4对;缘盾11对;臀盾1对。腹甲平坦,略短于背甲,前端平截,后缘略凹;腹盾缝最长,远长于喉、肱盾缝之和,肱盾缝最短。甲桥平坦不显。四肢平扁,前肢外侧有若干大鳞;指、趾间全蹼,爪尖细而侧扁。尾纤细。
头骨有一骨质颧弓;方轭骨不与眶后骨、轭骨相接;额骨1对,几呈方形;顶骨末端达上枕骨中部;鳞骨前端与眶后骨相切,不接轭骨,末端纤薄上翘;上枕骨后部略向下斜。上颚超出下颚,咀嚼面窄而无嵴。骨质内鼻孔位于眼眶前部同一平面上。下颚纤弱,冠骨突弱。椎板8枚,六边形,短边在前;肋扳8对;缘板11对。腹甲以骨缝与背甲相连,腋柱和胯柱细弱;肱胸盾缝横截于内腹板后部约2/3处。