斑点龟成年个体重1-2千克，属中型龟类。成体长椭圆形。头大，头部黑色，上有大小不一的黄白色斑点，根据斑点的颜色分为白斑点黑池龟和黄斑点黑池龟2种，吻钝，喙呈流线形。眼大，颈粗，颈部有黄白色小斑点。背甲黑色或棕黑色，布满不规则的黄白色斑点，边缘的斑点多而清晰，背甲有3条突起的脊棱，中间一条尤其明显。
腹甲黑色，布满黄色或白色的不规则斑点。四肢扁圆，灰褐色，布满细小斑点，趾间具蹼，前肢5爪、后肢4爪。尾较短，灰褐色，上有细小斑点。雄龟体型小，腹部凹陷，尾粗长、泄殖孔距腹甲后缘较远;雌龟体型大，腹部平坦，尾细短、泄殖腔孔距腹甲后缘较近。龟壳呈深褐色或黑色，有黄色斑点及斑纹。柔软的部份呈深褐色或黑色，有黄色圆点，在头部及颈部上的斑点最大。
墨西哥麝香龟成体的背甲有三条较为强壮的脊椎骨，将始终伴随它一生。中间的脊椎骨沿着前后五块脊椎盾扩张开来，背甲两侧的侧脊椎骨同样比萨尔闻来的更宽阔，在成体时，这五块脊椎盾的长度大于自身的宽度。第9~11块边缘盾甲高于其他先前的8块。颜色上来说多半为浅棕色，盾甲间有黄色的接缝线。黑色或咖啡色的放射线，其形状类似于熊掌。
腹甲较小，呈十字交叉，并且有着一块可略微上下移动的铰链盖(腹甲前端)。腹甲前端的盾甲比后方的要来得短，这个特征却与萨尔闻相反。腹甲底部后方的盾甲非常的狭窄，犹如箭头指向尾部且末端没有凹槽。腹甲没有喉盾和肋盾，这一特征却与撒耳闻相似，腹盾的长度和宽度相差无几，甲桥较宽，是腹甲长度的25%，颜色上来说跟腹甲是一致的，通常都是浅黄色的。
