拟鳄龟的繁殖是在每年4-9月份。雄龟体较大,有较长的尾,其长度是腹甲长度的86%,且泄殖腔孔位于背甲边缘之外;雌龟尾短,龟尾的长度少于腹甲长度的86%,泄殖腔孔位于背甲边缘之内。拟鳄龟繁殖时,雄龟经常爬到雌龟背上,起初雌龟鸭动,雄龟滑落下后,又紧迫爬上,如此多次,直至雌龟停止爬动,雄龟后腿蹬地,前爪钩住雌龟的背甲。
交尾过程中,雄龟头颈伸直且左右晃动,有时两龟的鼻孔相对。每年的5-11月份为产卵期,6月份是盛期。此时,雌龟爬上岸边,寻找开阔的陆地,一般离水边200米左右,用爪挖产卵坑,坑为1洞穴,洞口大,洞底小,往下延伸有一定的弯度,洞深10-13厘米,洞口大小因龟体形不同而异。每窝卵有11-83个,通常为20-30个。
卵白色,圆球形,外表略粗糙,直径23-33毫米,重7-15克,经55-125天的孵化,稚龟出壳。孵化环境与后代性别有密切关系。如孵化温度在30℃以上,20℃以下时,稚龟为雌性;当孵化温度在22-28℃时,稚龟为雄性。稚龟重9.5-12克,背甲长24-31毫米,背甲略呈圆形,黑色,每块盾片上有突起物,背甲后缘呈锯齿状。