巨头麝香龟是高度水栖性的龟。人们时常可以看到它们沿着水底,徜徉在岩石、沉木和植物之间。幼体主要吃昆虫,而成体则吃螺类和蛤类,龟可以用颚部那宽阔的表面夹碎它们。巨头麝香龟与小臭弹(Stinkpots,即密西西比麝香龟)一样好斗,其幼体甚至在出壳之前就已经能够释放臭味了。
巨头麝香龟每年产1~4窝卵,每窝2~3枚,卵呈椭圆形,长1 1/8" (29 mm)。曾有人,在流泉边的一个5''高的沙堆中,发现了17窝巨头麝香龟的卵。龟卵宛若瓷器般精美易碎,刚产下时呈半透明的粉红色,等胚胎发育后渐渐转成不透明的白色。孵化期13~16个星期。