母猫生畸形小猫的原因主要有：基因遗传、近亲繁殖、孕期营养不足、中毒或感染。基因遗传和近亲繁殖都是先天性的，怀孕猫咪带有疾病的隐性基因或有先天性的缺陷，都容易遗传给小猫导致畸形。近亲繁殖本身就有很大的风险性，除了容易引起小猫畸形外，还有产仔量少、成活率降低等不良影响。而营养不足和中毒感染是后天因素，都有导致畸形的可能性。缺乏营养时小猫无法正常发育，中毒、感染则会直接危害小猫的发育甚至是生命。
1、基因遗传
如果怀孕的猫咪原本就携带某种疾病的隐性基因，或者猫咪自身是有缺陷的，比如折耳猫的软骨病等，就会遗传给小猫，导致刚出生的小猫有发生畸形的几率。
2、近亲繁殖
近亲繁殖指的是在血缘上同出于三代或三代以内的祖先进行交配繁殖，这种繁殖方式很可能导致父母一代的隐性遗传病在后代身上的发病率增高。除了小猫畸形外，交配后的母猫空怀率也会变高，同时还会有产仔量少、成活率降低、智力残障的可能性。一般情况下，不建议为了优良品性和品种特征，牺牲猫咪的健康进行近亲繁殖。
3、孕期营养不足
在猫咪怀孕期间，如果主人在喂食方面没有注意，造成猫咪营养不良，没有充足营养让胎儿发育生长，这时小猫也非常容易出现畸形，严重时还可能会直接死亡。
4、中毒或感染
猫咪怀孕期间，比如细菌、病毒感染，或是农药、药物、酒精、重金属等中毒，都可能会导致胎儿畸形。另外，如果母猫体内的寄生虫过多，寄生虫就会通过胎盘屏障进入胎儿体内，从而导致胎儿发育不良出现畸形。
